《方案》指出，要进一步深化体制机制改革，破除制约高校内涵发展的体制机制障碍，扩大和落实高校办学自主权，激发高校办学活力，建立健全现代大学制度。
根据《方案》，我省高校“创新强校工程”的目标是，深化高等教育办学体制机制改革，形成政府主导、行业企业支持配合、社会力量积极参与、公办与民办共同发展的多元化办学格局，促进和规范民办高等教育特色发展。
在高水平大学及特色高校建设方面，要引导和支持我省有关高校合理定位、找准差距、汇聚资源、办出特色，在全国同类型、同层次高校中争创一流，引领和带动广东高等教育发展水平的全面提升。在协同机制创新的基础上，我省将集中力量建设一批具有重大影响力的协同创新中心和协同育人平台，切实促进高校与高校、科研院所、行业企业、地方政府以及国际创新力量的深度融合与互补共赢。
如何扩大和落实高校办学自主权?《方案》指出，高校要充分发挥在“创新强校工程”中的主体作用，根据国家和我省高等教育领域相关意见和要求，结合本校实际，自主制订并实施本校“创新强校工程”建设规划，增强高校依法自主办学的能力和水平。
