长沙市民宗局内设机构有：办公室、民族工作处、宗教工作处、政策法规处。
办公室工作职责：协助局领导处理日常工作；负责机关文秘、保密、信访、档案管理、行政事务、印鉴和介绍信的使用与保管、安全保卫、接待、财务和国有资产管理、重大会议的组织等工作；组织对全市民族、宗教问题的综合调查研究；编制工作简报、内部资料和报送政务信息；起草本机关综合性文稿；参与全市性宗教团体换届选举的人选考察和少数民族干部的培养、选拔；参与民族、宗教界代表人士在人大、政协作政治安排的考察推荐工作；负责本机关和各宗教团体的人事、劳资、机构编制、老干、党建等工作。
民族工作处工作职责：开展民族理论、政策、法规的宣传教育工作；参与调解民族纠纷，办理有关保障少数民族各项权利和处理民族关系方面有关事务；负责民族成份的鉴别、更改和少数民族考生的民族成份的审核工作；负责民族团结进步表彰活动的指导和组织工作；参与人口普查及对全市少数民族人口情况进行分析统计；研究提出发展我市民族企业措施，参与管理有关专项资金及专项贷款；协助做好回、维民清真“三食”(肉食、饮食、副食)的供应工作；对有关重大问题进行调查研究并提出对策性意见；起草民族方面有关文件；负责指导民族联谊会的工作；参与对少数民族干部培养、推荐工作。
宗教工作处工作职责：贯彻执行党和国家有关宗教工作方针、政策、法律、法规、规章；行使宗教行政执法职能；对有关重大问题进行调查研究并提出对策性意见；起草宗教方面有关文件；帮助全市性宗教团体搞好自身建设，搞好领导班子和教职人员的培养、选拔工作；开展宗教界的爱国主义、社会主义教育，协调处理各种矛盾；协助县(市)、区规范宗教活动场所的管理，并具体对市区内宗教活动场所进行管理；对宗教团体提出的要恢复开放的寺观教堂和建立简易活动点的情况进行调查研究，并依照有关规定进行审核报批；办理宗教团体需由政府协助办理的事务；支持并指导各宗教团体按照“独立自主、自办教会”的原则，开展宗教方面的国际友好往来，抵制境外宗教敌对势力的渗透活动；配合有关部门制止和打击利用宗教进行的违法犯罪活动。
政策法规处工作职责：承担本系统普法工作，负责对全市民族宗教工作干部队伍进行法制方面的教育培训，组织协调有关部门搞好民族、宗教政策法规的宣传教育工作；研究起草民族宗教方面的地方性法规、规章及规范性文件；办理本局规范性文件的审查工作，指导督促规范性文件“三统一"制度在本局的实施；配合办理部分行政许可、行政处罚等具体行政行为相关事务；指导、承办有关全市民族宗教行政执法方面的行政复议、行政诉讼；组织指导、检查督促民族宗教有关法律、法规、规章及政策的贯彻执行；负责本系统行政执法督查工作，重点做好执法案件督办和执法案卷评查，并为区、县(市)民族宗教行政执法工作提供具体指导；为我市民族宗教界提供法律咨询、维权援助等方面的法律服务；规范我市民间信仰活动场所的登记、管理工作，研究提出我市民间信仰活动及场所的管理办法；对涉及民族宗教、民间信仰方面的有关问题进行调研并及时提出工作对策和政策建议。
