当小规模纳税人取得专用发票时，可视同取得普通发票，做相同的账务处理，按价税合计金额，即票面含税金额确认资产或成本费用。与普通发票没什么区别，因为小规模纳税人不可以进行进项抵扣的，需要将进项税额一起计入到相关的成本费用里。
同时由于小规模纳税人不能认证发票，这会形成滞留票。小规模纳人取得的增值税专用发票，可以在认定或登记为一般纳税人后认证抵扣。根据税法的相关规定，小规模纳税人的增值税使用简易征收法，按征收率纳税，同时不可抵扣进项税。
根据《财政部、税务总局关于实施小微企业普惠性税收减免政策的通知》（财税〔2019〕13号）规定，对月销售额10万元以下,按季度纳税的，季度销售额不超过30万元（含本数）的增值税小规模纳税人，免征增值税；
《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税政策有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第4号）第八条规定，小规模纳税人月销售额未超过10万元的，当期因开具增值税专用发票已经缴纳的税款，在增值税专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后，可以向主管税务机关申请退还。
也就是说小规模纳税人开具增值税专用发票后不享受普惠性减税降费政策，需要按照开票金额申报缴纳增值税，当然符合上述相关操作规定可以申请退还款项。
