古莲种子长期保存的原因主要是有2个，一个是存储的地理环境，一个是古莲种子自身的特性。
古莲子一般埋藏在水分停滞或仅微弱流动的泥炭层当中，土壤平均温度10℃左右，含氧量极低，在这种条件下，莲子不具备萌发的能力，但可以保持休眠状态。
能在地下存活百年以上，古莲种子的结构功不可没，其外表皮具有一层既厚又致密的栅栏组织，使种子内部不易受外界腐蚀。同时，莲子长埋于地下，不会受到空气干扰，温度恒定，便于长期保存。
莲子所含的抗坏血酸和谷胱甘肽等化合物，比其它植物高若干倍，这类化合物的存在也是莲子长寿并保持萌发力的重要原因。
此外，莲子里还有一个小气室，里面大约存贮着0.2立方毫米的空气可以维持古莲子的生命。古莲子所含水分极少，只有12%。在这种干燥、低温和密闭的条件下，它过着长期休眠的生活，新陈代谢几乎停止，因而可以历经千年仍能萌芽、生根、开花。
