三花猫花色的来源本质是白色底色叠加黑色和橘色，橘色和黑色像补丁一样出现在身体的不同部位。
因为决定毛色的基因只存在于X染色体上，一条X染色体只能携带一种颜色的信息，Y染色体对于毛色不起任何作用。因此，只有携带两条X染色体的猫才能呈现黑、橘、白三色，而正常的携带两条X染色体的猫就是母猫。
对于公猫来说，只有出现性染色体三体的情况下（XXY）才会呈现三色，因此三花公猫特别特别稀少，而且它们不能把自己独有的特征和雄性特征遗传给自己的孩子。正是由于这种基因缺陷，三花公猫基本上是没有生育能力的。
虽然三花公猫基本没有生育能力，但招财猫的原型就是三花公猫！所以从某种意义上来说，三花公猫是好运的象征。
